Πρόκειται για τον μοναδικό αυτή τη στιγμή ναό στην Ελλάδα που ενώ λειτουργεί κανονικά, εξυπηρετώντας τις ανάγκες των πιστών, ταυτόχρονα είναι κτισμένος επάνω σε σημαντικές αρχαιότητες ανεκτίμητης ιστορικής αξίας, οι οποίες είναι στο μεγαλύτερό τους μέρος ορατές. Εκτός, δηλαδή, από τόπο θρησκευτικής λατρείας αποτελεί κι έναν επισκέψιμο χώρο ιστορικού και αρχαιολογικού ενδιαφέροντος.

Ο μητροπολιτικός ναός της Αρναίας, όπως προκύπτει από μαρμάρινη ενεπίγραφη πλάκα που βρίσκεται εντοιχισμένη στην πρόσοψή του, κτίστηκε ως τρίκλιτη βασιλική το 1812 και τιμάται στη μνήμη του Αγίου Στεφάνου, ενώ το καμπαναριό του χρονολογείται από το 1889. Ναός με μεγάλη ιστορική σημασία, από όπου και πέρασε το 1775 για να διδάξει ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός. Κατά την επανάσταση του 1821 κάηκε εκ θεμελίων, όπως και όλο το χωριό, οι κάτοικοι του οποίου το εγκατέλειψαν και διασκορπίστηκαν στη γύρω περιοχή. Αργότερα επέστρεψαν, ξανάκτισαν το χωριό και την εκκλησία, στην οποία τοποθέτησαν ξύλινο τέμπλο και περίτεχνο δεσποτικό θρόνο, από τους λίγους ξυλόγλυπτους στην περιοχή. Το μοναδικής τεχνικής τέμπλο ήταν δωρεά της μονής Κωνσταμονίτου και περιελάμβανε 70 μικρότερες ξύλινες εικόνες και 14 μεγάλες επενδεδυμένες με ασήμι.